結論から言うと、ドメイン Administrator のパスワード変更は可能です。
ただし、サーバによってはドメイン Administrator で運用されているものもあるため、それらに関しては事前に調査する必要があります。
特に以下の3点を確認して問題がなければ変更しても問題ない場合が多いです。
サービス
サービスをエクスポートして「Administrator」で検索をかけます。ドメイン Administrator がひっかかった場合、そのサービスのパスワードも変更しなければなりません。
タスクスケジューラ
タスクスケジューラでドメイン Administrator 権限で動いているタスクを探します。ドメイン Administrator 権限で動いているデフォルトのタスクは見たことが無いので、デフォルト以外のものを確認します。
資格情報
資格情報にドメイン Administrator の情報が載っている可能性は高いです。合わせてパスワードを修正する必要があります。
基本的には上記3点がクリアできればパスワードを変更しても問題ありませんが、アプリケーション(例えば SharePoint)なんかは内部的にパスワードを保存していたりするので影響が出たりします。ベンダに問い合わせることができるのであればやった方がいいですね。